現在，人類が直面している地球規模の環境の変化に適切に対処するには，別々に発展してきた自然史の諸分野を現代的な形で再統合し，より包括的な形で自然を理解することが必要です。本専攻は，新しい自然史科学の第一歩として，地球システムを様々な角度から研究する地球科学者と現在と過去の様々な生物群について種の記載を担う分類学者を養成するとともに，地球環境変化のデータに基づいて，多様性が生じる原因やそのプロセスを研究する自然史科学者と科学的成果の実像を社会に正確に伝えることのできる科学コミュニケーターの養成を目的とします。
| 講座名 | 地球惑星ダイナミクス講座 |
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| ラボラトリー研究グループ |
海洋気候物理学 陸水循環物理学 宇宙測地学 地震ダイナミクス グローバル地震学 応用力学系 |
| 講座名 | 地球惑星システム科学講座 |
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| ラボラトリー研究グループ |
岩石学火山学 地球化学 地球惑星物質論 地球環境史 有機地球化学 変動帯構造論 資源地質科学 |
| 講座名 | 多様性生物学講座 |
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| ラボラトリー研究グループ | 多様性生物学 |
| 講座名 | 科学コミュニケーション講座 |
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| ラボラトリー研究グループ |
科学史研究室 科学基礎論研究室 博物館学研究室 科学教育研究室 |
| 講座名 | 地震学火山学講座 |
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| ラボラトリー研究グループ | 地震火山研究観測センター |
