NetCDF Tips
NetCDFライブラリを，環境：Vine 3.1 & Intel fortran 8.1にインストールした例を紹介します．
1. NetCDFのホームページ
http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/で，netcdf.tar.Z (ver. 3.6.0)をダウンロードする．
2. 展開する．(以下の作業はrootで行った)
# tar -xzvf netcdf.tar.Z できたディレクトリに移動する．
# cd netcdf-3.6.0-p1/src/
3. 環境変数の設定をする．ここではhttp://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/docs/other-builds.htmlの「Linux x86 with Intel ifort 8.1 fortran compiler」
を参考にした．
# export FC=ifort
# export F90=ifort
# export FFLAGS="-O -mp"
# export CPPFLAGS="-DNDEBUG -DpgiFortran"
4. configureを実行する．/usr/local/netcdf-3.6.0はインストールする場所．
# ./configure --prefix=/usr/local/netcdf-3.6.0
5. makeでインストールする．
# make
# mkdir /usr/local/netcdf-3.6.0
# make install
6. 再び，環境変数の設定をする．/etc/profileに以下を書き込む．
PATH="$PATH:/usr/local/netcdf-3.6.0/bin/"
LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/netcdf-3.6.0/lib"
export PATH LD_LIBRARY_PATH
NetCDFのファイルを読み込んだ例を紹介します．
ここではAvisoのFTPサイト
ftp://ftp.cls.fr/pub/oceano/AVISO/SSH/duacs/global/dt/msla/merged/にある，
海表面高度偏差データファイル「hh_msla_oer_merged_h_15627.nc」を読み込みます．
まず，ファイルについての情報を得るために，
$ ncdump -c hh_msla_oer_merged_h_15627.nc | less
とします．すると出力の初めの内容は以下の通りになっています．
海表面高度偏差を得るのに必要な情報は，赤で囲んだ2箇所の部分にあります．
まず，上の四角で囲んだ部分から，緯度方向のグリッド数(NbLatitudes)が915，
経度方向のグリッド数(NbLongitudes)が1080であることが判ります．
次に，下の四角で囲んだ部分から，データの型が単精度(float)で，
変数名が「Grid_0001」でグリッド数が(1080×915)，
欠損値が1.8446744e+19f，正確な変数名は「H」，単位が「cm」
であることが判ります．
Fortranの読み込みプログラム例 netcdf_example.f90 を示します．
重要なことはinclude文によるnetcdf.incの読み込みと，NetCDFライブラリの使い方です．
このプログラム中で使用されているNetCDFライブラリは次の5つです．
- nf_open ：ファイルをopenします．2つ目の引数nf_nowriteは読み込み専用を意味します．
- nf_inq_varid：読み込む変数のID(rhid)を取得します．2つ目の引数varは，先ほどのncdumpで得た変数名「Grid_0001」を入れます．
- nf_get_var_real：実際に変数の値をすべてを読み込みます．この場合，配列slaに値は格納されます．
- nf_close：ファイルをcloseします．
- nf_strerror：ライブラリの実行でエラーがあったあと気にエラーメッセージを表示します．
このプログラムをコンパイルするには，
$ ifort netcdf_example.f90 -L/usr/local/netcdf-3.6.0/lib -lnetcdf
とします．指定するディレクトリはインストールした場所により異なります．
netCDFユーザガイド日本語版
＠地球流体電脳倶楽部