植物RNA研究ネットワーク 植物のRNA研究に携わる研究者の交流を目的とした研究サイトです。

 

研究者紹介
名前 伊藤 秀臣
所属・役職 北海道大学大学院理学研究院・助教
研究題目 環境ストレスと転移因子制御機構
研究内容 環境ストレスは遺伝子やトランスポゾンの活性化に影響を与えることが報告されている。我々は環境ストレスが植物に与える影響について「ゲノム構造の変化と環境適応」いう側面からアプローチし、実際にこの仮説を検証するために植物においてストレス条件下で活性化するようなトランスポゾンとそれを制御するRNA分子の解析を行っている。
キーワード 環境ストレス・siRNA・トランスポゾン・エピジェネティクス・シロイヌナズナ
HP https://www.sci.hokudai.ac.jp/grp/keitai/sci.hokudai/KeitaiIII_mail.htm

名前 大谷 美沙都
所属・役職 理研BMEP 研究員
研究題目 植物細胞の分化全能性を支えるRNA代謝系の研究
研究内容 植物細胞の特徴のひとつに、細胞増殖・分化の柔軟性があります。シロイヌナズナ変異体を用いたこれまでの研究から、こうした柔軟性=いわゆる分化全能性にはRNA代謝系の制御が重要であることを明らかにしてきました。現在、pre-mRNAスプライシング活性制御を中心に、植物細胞の分化全能性がどのようにRNA代謝系制御を通して発揮されるのか、について研究を進めています。
キーワード snRNA(small nuclear RNA)、snRNA転写制御、pre-mRNA スプライシング、器官再生、脱分化、組織培養
HP 作成中

名前 栗原 志夫
所属・役職 理化学研究所 バイオマス工学研究プログラム 研究員
研究題目 長鎖ノンコーディングRNAのゲノムワイドな解析
研究内容 植物のRNAの分解機構に興味がありますが、ネタ切れ中です。そこで現在はシロイヌナズナを用いて、環境変化に応答して発現が変化する長鎖ノンコーディングRNAに注目して研究をしています。それらのRNAは、機能性のものと転写のノイズに分けられるはずです。解析には次世代シークエンサーを用いています。
キーワード ゲノム、長鎖ノンコーディングRNA、RNA分解、RNAi
HP 作成します。

名前 佐藤 豊
所属・役職 名古屋大学大学院生命農学研究科・准教授
研究題目 小分子RNAを介した植物の遺伝子発現制御
研究内容 「小分子RNAを介した植物ゲノムとゲノム寄生因子の攻防に関する研究」
「イネの胚形成における小分子RNAの役割」
「イネの胚形成における体軸形成と器官分化の分子機構」
「小分子RNAを農学分野で有効利用するための基礎研究」
キーワード イネ、胚発生、RNAi、トランスポゾン、microRNA (miRNA)、small-interfering RNA (siRNA)、trans-acting siRNA (tasiRNA)、shootless、Dicer (DCL)、Argonaute (AGO)、RNA-dependent RNA polymerase (RDR)、in situ hybridization
HP http://www.agr.nagoya-u.ac.jp/~ikusyu/satogroup/index.html

名前 島田 浩章
所属・役職 東京理科大学基礎工学部生物工学科・教授
研究題目 5'非翻訳領域による翻訳促進機構の解明
研究内容 一部のmRNAには非常に長い5'非翻訳領域(5'UTR)が存在する。このような配列は下流のORFの翻訳に対してネガティブな働きをするものと予測されるが、私たちが見つけたmRNAの5'UTRは下流ORFの翻訳を大きく高める能力を有することがわかった。これがどういう機構によるものかについて詳細に解析をするとともに、このような翻訳促進機構が普遍的に存在するか、これが生理的にどのような意義があるかを明らかにしたいと考えている。
キーワード 翻訳制御・mRNAの非翻訳領域による翻訳促進配列・イネ・バイオマス
HP http://www.rs.noda.tus.ac.jp/~biost/labo/simada.html

名前 杉田 護
所属・役職 名古屋大学遺伝子実験施設・教授
研究題目 植物オルガネラのRNA制御機構の解明
研究内容 葉緑体とミトコンドリアは独自のゲノムとユニークな遺伝子発現制御システムをもっています。私たちは植物オルガネラの遺伝子発現制御の仕組みをRNAレベルで解明するため、RNA切断、RNA編集やスプライシングに働くRNA結合性のPPRタンパク質について研究しています。数百種類も存在するPPRタンパク質の大半は葉緑体やミトコンドリアに局在し、その中で多様なRNAプロセシングに働いていると予想されます。PPRタンパク質の多様な機能を明らかにし、PPRタンパク質ネットワークによる植物オルガネラのRNA制御の仕組みが解明できればと願っています。
キーワード 葉緑体・ミトコンドリア・RNA制御・PPRタンパク質・ヒメツリガネゴケ
HP http://www.gene.nagoya-u.ac.jp/~sugita-g/

名前 杉山 宗隆
所属・役職 東京大学大学院理学系研究科・准教授
研究題目 植物細胞の増殖制御とRNAプロセッシング
研究内容 私たちの研究室では、組織培養応答を指標にシロイヌナズナの温度感受性変異体を多数単離し、これらを材料として、分化・脱分化に伴う細胞増殖能の制御、また器官原基や分裂組織の新形成に関わる細胞増殖の空間的統御について、分子遺伝学的解析を行ってきた。その結果、これまでに同定した変異体責任遺伝子のほとんどが、プレmRNA、プレrRNA、ミトコンドリアmRNAのいずれかのプロセッシングに関係していたことから、発生・分化また形態形成のさまざまな側面において、基本的なRNAプロセッシングの量的変動が、細胞増殖活性や細胞増殖能を調節する基礎要因となっている、との認識をもつに至った。現在は、基本的RNAプロセッシングのレベルが、個々の場面でどのように細胞増殖を調節しているのか、という問題に取り組んでいる。
キーワード 温度感受性変異体、細胞増殖、脱分化、シュート再生、側根形成、分裂組織、プレmRNAスプライシング、プレrRNAプロセッシング、ミトコンドリアmRNA代謝
HP http://www.bg.s.u-tokyo.ac.jp/koishikawa/research/sugi-lab/sugi-1.html

名前 関 原明
所属・役職 理化学研究所植物科学研究センター植物ゲノム発現研究チーム・チームリーダー
研究題目 植物の環境ストレス応答におけるRNAおよびエピジェネティック制御機構
研究内容 植物は動物と異なり移動の自由がないため、様々な環境ストレス変化に対して適応する能力を持っています。これまでの研究から、植物の環境ストレス耐性は環境ストレスにより発現誘導される多くの遺伝子の働きにより獲得されることが明らかになっています。最近、我々は、RNAやエピジェネティックな修飾を介した制御もまた、環境ストレス応答や耐性獲得に関与すると考え、それら制御機構の解明を目指した研究を進めています。
キーワード 環境ストレス応答、RNA制御、エピジェネティック制御、Non-coding RNA、アンチセンスRNA、Stress granule
HP http://labs.psc.riken.jp/pgnrt/

名前 高橋 広夫
所属・役職 千葉大学大学院園芸学研究科・准教授
研究題目 バイオインフォマティクスによる網羅的生物情報からの有用情報抽出
研究内容 様々なゲノムプロジェクトの進行やマイクロアレイ技術などの発展に伴い、網羅的な生物現象の同時観測が可能となり、膨大な生物情報が蓄積されつつあります。このような膨大な情報は、近年、生命科学ビッグデータと呼ばれる様になってきました。生命科学ビッグデータは他の分野のビッグデータに比して、それほど大きくはありませんが、非常に複雑で解析が困難であり、新しい解析手法の確立が求められています。私は、生命科学ビッグデータ解析のための、特に、ウエットの研究者にとって実用的な手法の開発を目指しています。
キーワード バイオインフォマティクス、ビッグデータ、遺伝子発現解析、ゲノム解析
HP http://hiro-takahashi.sakura.ne.jp/

名前 竹田 篤史
所属・役職 立命館大学大学院生命科学研究科・准教授
研究題目 植物ウイルス感染とRNA分解経路の相互作用解析
研究内容 「植物ウイルス抵抗性における各mRNA分解経路の役割」を解析しつつ、
「植物ウイルス感染がRNA分解経路に及ぼす影響」についても解析しています。
TALEヌクレアーゼを用いたウイルス抵抗性植物の分子育種も開始しました。
キーワード 植物ウイルス、RNAi、サプレッサー、microRNA (miRNA)、small-interfering RNA (siRNA)、trans-acting siRNA (tasiRNA)、artificial-miRNA (amiRNA)、synthetic tasiRNA (syn-tasiRNA)、Dicer (DCL)、Argonaute (AGO)、RNA-dependent RNA polymerase (RDR)、5'-3' RNA分解経路、Decapping酵素、3'-5' RNA分解経路、
Exosome、TALEヌクレアーゼ、Arabidopsis thaliana、Nicotiana benthamiana
HP 作成中

名前 千葉 由佳子
所属・役職 北海道大学大学院理学研究院・准教授
研究題目 環境ストレス応答とmRNA分解制御
研究内容 植物の持つ環境ストレス応答機構には,様々な遺伝子発現制御が関わっている。我々はmRNA分解制御が環境ストレス応答にどのように関わっているのかを明らかにすることを目指している。研究対象はモデル植物であるシロイヌナズナであり,低温ストレス応答と糖過剰ストレス応答に関する研究を進めている。また,植物において転写速度およびmRNA分解速度を網羅的に測定する方法の確立を目指している。
キーワード 低温ストレス・mRNA分解・シロイヌナズナ・mRNA decay array
HP https://www.sci.hokudai.ac.jp/~yukako/


名前 鳥山 欽哉
所属・役職
東北大学大学院農学研究科・教授
研究題目
イネの細胞質雄性不稔性/稔性回復システム
研究内容 ミトコンドリアが原因で花粉発育不全を示す現象がある(細胞質雄性不稔性; CMS)。核ゲノムは花粉をレスキューするために、ミトコンドリアRNAを制御する遺伝子を進化させたと考えられる(稔性回復遺伝子)。ミトコンドリアRNAとそれを制御する核遺伝子を解析し、核とミトコンドリアのせめぎあいを明らかにして行きたい。
キーワード イネ、細胞質雄性不稔性、ミトコンドリア、稔性回復遺伝子 、ミトコンドリアとカレーうどん
HP http://www.agri.tohoku.ac.jp/bioadp/PukiWiki/index.php?FrontPage


名前 内藤 哲
所属・役職
北海道大学大学院農学研究院・教授
研究題目
リボソームを舞台とした遺伝子発現制御
研究内容 かつて,リボソームはmRNAに書き込まれた遺伝情報を忠実にアミノ酸配列に翻訳する「受動的な」装置と考えられていたが,近年,プログラムされた翻訳停止,フレームシフト,終止コドンの読み飛ばし,等を積極的に行っていることが明らかになってきた。我々は,高等植物におけるメチオニン生合成の鍵段階を触媒するCGS酵素をコードするCGS1遺伝子をモデル系として,S-アデノシルメチオニンに応答したCGS1 mRNAの翻訳停止と,これと共役したCGS1 mRNAの分解制御を研究している。
キーワード 翻訳停止,新生ペプチド,ペプチジル-tRNA,リボソーム出口トンネル,mRNA分解,mRNA分解中間体,メチオニン蓄積,液体カルス培養,試験管内翻訳系(コムギ胚芽・ウサギ網状赤血球ライセート・Arabidopsis・BY2)
HP http://arabi4.agr.hokudai.ac.jp/

名前 中原 健二
所属・役職 北海道大学大学院農学研究院・講師
研究題目 ウイルスに対する植物自然免疫機構
研究内容 動植物は初めて侵入してきた病原微生物でも、それらに共通の分子パターンPAMPsを感知して、防御反応を誘導して対抗することができます。この自然免疫の仕組みをPAMPs誘導免疫といいます。私は、ウイルスに対する植物のPAMPs誘導免疫機構について研究を進めています。植物ウイルスの多くはRNAをゲノムに持ち、3-12種類のタンパクをコードしています。これらの中で、どれがウイルスのPAMPsで、それを感知する植物の受容体は何か、そして、どのような防御反応を誘導しているのか解明しようとしています。
キーワード RNAサイレンシング抑制遺伝子、カルモジュリン様タンパク、オートファジー、自然免疫、PAMPs
HP http://www.agr.hokudai.ac.jp/rfoa/abs/abs1-4.html

名前 中村 崇裕
所属・役職 九州大学 農学研究院 准教授
研究題目 植物の核とオルガネラの相互作用
研究内容 植物における遺伝情報を含むオルガネラ、葉緑体、ミトコンドリア、核の間の協調的な遺伝子発現機構に関する研究を行っている。特に、オルガネラ遺伝子発現のRNAレベルでの制御に着目している。葉緑体やミトコンドリア機能の増強・調節による高機能植物の作出、カスタムRNA結合蛋白質の創成、に関する研究および開発を行っている。
キーワード RNA相互作用、葉緑体、ミトコンドリア、RNA結合蛋白質
HP http://bbs1.agr.kyushu-u.ac.jp/SSP/nakamura/

名前 中南 健太郎
所属・役職 理化学研究所 植物科学研究センター・研究員
研究題目 低温ストレス応答時の翻訳制御研究
研究内容 越冬性植物は低温馴化により耐凍性を獲得し越冬可能となり,春には脱馴化により成長を再開させるメカニズムを有している.この低温応答メカニズムの分子レベルでの解明を目指して,低温馴化・脱馴化における翻訳制御機構の研究をアラビドプシスを材料として行っている.
キーワード 低温ストレス・低温馴化・脱馴化・翻訳制御・RNA masking・micro array・shotgun proteomics
HP  

名前 野々村 賢一
所属・役職 国立遺伝学研究所 実験圃場・准教授
研究題目 植物の生殖・減数分裂を促進するRNA制御機構
研究内容 植物の生殖、特に始原生殖細胞が分化し、減数分裂に至る過程を制御する分子メカニズムに興味をもっています。これまでにイネの突然変異体を用いた解析から、減数分裂の進行に必須の役割をもつ生殖細胞特異的なArgonaute蛋白質MEL1を同定し、その結合small RNAなどの解析を行ってきました。また減数分裂移行の転写後制御に関わると考えられるRNA結合蛋白質なども同定し、その標的RNAなどの解析を進めています。
キーワード 生殖、減数分裂、Argonaute、small RNA、イネ、染色体、細胞周期
HP https://www.nig.ac.jp/labs/ExpFarm/top_j.html

名前 平山 隆志
所属・役職 岡山大学 資源植物科学研究所・教授
研究題目 環境ストレス応答統合機構
研究内容 高等植物が多様な環境ストレスをどのように認識し、その情報をどのように統合し、的確な細胞、組織、個体レベルの応答を実現するのかを理解したいと考えています。シロイヌナズナを研究材料とした遺伝学的解析、分子生物学的解析を主な研究手法として、植物特有な情報統合機構の解明に取り組んでいます。
キーワード 植物ホルモン、情報伝達機構、ストレス認識機構、タンパク質リン酸化、RNA分解制御、植物ホルモン定量
HP http://www.rib.okayama-u.ac.jp/ers/index-j.html

名前 福原 敏行
所属・役職 東京農工大学農学部 教授
研究題目 植物の小分子RNA生成機構と環境ストレス応答機構の研究
研究内容 モデル植物シロイヌナズナを用いて、小分子RNA(small interfering RNA, siRNA)の生成機構について研究しています。特に2種類のダイサー(DCL3とDCL4)の酵素活性を比較し役割分担を研究しています。また、環境ストレス応答におけるRNA干渉機構の役割についても研究しています。
キーワード RNA干渉、ダイサー、2本鎖RNA、2本鎖RNA結合タンパク質、環境ストレス
HP http://www.tuat.ac.jp/~mcb/

名前 堀口 吾郎
所属・役職 立教大学理学部生命理学科 准教授
研究題目 リボソームが関わる発生制御機構の研究
研究内容 リボソームは約80種のリボソームタンパク質(r-protein)と4種のrRNAで構成されています。シロイヌナズナでは、多くのr-protein変異株が細胞増殖、葉の背腹性、葉序や花序形態などに異常を示し、その表現型はお互いに良く似ています。ところが一部のr-protein変異株は、特定の発生過程に強い影響を及ぼすことが分かっています。このことは、発生制御遺伝子の中に、特定のr-protein に強く依存しながら発現するものが存在することを示唆しています。R-protein変異株のサプレッサー変異株を単離し、リボソームのどの構成因子が、どのような発生制御遺伝子の発現を制御しているのか、そしてその機構はどのようなものか、について研究を行っています。
キーワード リボソーム、葉形態形成、背腹性、細胞増殖、翻訳制御
HP http://www2.rikkyo.ac.jp/web/horiguchi/plant11/home.html

名前 山﨑 朋人
所属・役職 高知大学教育研究部自然科学系理学部門・助教
研究題目 単細胞緑藻クラミドモナスのmicroRNA動態の解明
研究内容 私たちは単細胞緑藻クラミドモナスのmiRNA生合成機構・作用機序を解明するとともに、単細胞生物におけるmiRNAの生物学的役割を明らかにすることを目的に研究を行っています。 具体的にはmiRNAの機能しない変異体の単離・解析を行い、またそれら変異体が様々なストレス環境下で見せる異常について解析しています。
キーワード クラミドモナス・miRNA・RNA silencing
HP  

名前 吉川 学
所属・役職 国立研究開発法人, 農業・食品産業技術総合研究機構, 生物機能利用研究部門・主任研究員
研究題目 植物RNAサイレンシグの分子機構の解明
研究内容 植物は、ウイルスやトランスポゾンなどの宿主にとって有害な因子に対する防御システムの一つとしてRNAサイレンシング機構を持っています。一方、植物ウイルスはサプレッサーと呼ばれるタンパク質を使って、宿主のRNAサイレンシングを抑制することが知られており、このことからもRNAサイレンシングが、ウイルスに対する重要な宿主防御システムであることがわかります。私は、植物のRNAサイレンシグに関して、シロイヌナズナを使った遺伝学的な解析やタバコ脱液胞化細胞抽出液を使ったin vitro解析を行っています。
キーワード RISC、miRNA、siRNA、植物ウイルスサプレッサー
HP  

名前 渡邊 雄一郎
所属・役職 東京大学大学院総合文化研究科・教授
研究題目 遺伝子発現のRNAを介した調節機構、植物の環境応答
研究内容 植物の細胞内では時々刻々さまざまな遺伝子からmRNAが転写され,一方で分解されているRNAが存在する。どのように遺伝子、あるいは配列特異的に蓄積するものと分解されるものがあるのかを解明していきたい。転写後制御のレベルの研究といってもボーダーレスになって、DNAメチル化,ヒストン修飾、さらにはmRNAの翻訳制御、細胞内構造にも興味が広がっている。
キーワード RNA顆粒、miRNA、siRNA、環境応答、RNAサイレンシング、環境応答、微生物
HP http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/RNAwatanabe/